Hij werd geboren in Ninove op 14 augustus 1932, behaalde een kandidatuur in de klassieke filologie en werd in Gent tot priester gewijd op 5 april 1959. Hij was leraar aan het Sint-Lodewijkscollege in Lokeren (1959-1968) en gouwproost van KSA. In 1968 werd hij superior van het Sint-Lodewijkscollege. Op 1 september 1984 werd hij diocesaan inspecteur voor het basisonderwijs en pastoor in Daknam (1984-1986). In 1985 werd hij benoemd tot diocesaan hoofdinspecteur basisonderwijs. Op 1 maart 1992 benoemde bisschop Arthur Luysterman hem tot bisschoppelijk vicaris bevoegd voor onderwijs en catechese, en werd hij titulair kanunnik van het Sint-Baafskapittel. Op 1 september 1995 werd hij vicaris-generaal, in het bijzonder belast met onderwijs en parochiecatechese.
Paul Van Paepegem kreeg eervol ontslag op 1 februari 2004 en werd de dag nadien door bisschop Luc van Looy benoemd tot bisschoppelijk gedelegeerde belast met de zorg voor priesters en diakens. Op 1 november 2018 kreeg hij eervol ontslag in deze functie.
De uitvaartliturgie vindt plaats in de kerk Sint-Amandus in Sint-Amandsberg op vrijdag 2 juli om 11u (rekening houdend met de coronamaatregelen). Daarna volgt de bijzetting in de crypte van de Kanunniken op de begraafplaats van Mariakerke.